Để ngăn chặn bệnh viêm não Nhật Bản, cần tuyên truyền rộng khắp trong toàn dân về tác hại của bệnh, sự nguy hiểm của muỗi và vai trò của bọ gậy (loăng quăng). Đồng thời phổ biến các biện pháp diệt bọ gậy và diệt muỗi trưởng thành bằng mọi hình thức.Người dân cần thực hiện tốt vệ sinh môi trường, giữ gìn nhà ở, chuồng gia súc sạch sẽ để hạn chế nơi trú đậu của muỗi, nên dời chuồng gia súc xa nhà.
Những địa phương có nguy cao mắc bệnh hoặc đang có bệnh viêm não Nhật Bản, cần áp dụng các biện pháp dùng hóa chất diệt muỗi như phun, tẩm màn và dùng hương xua, diệt muỗi. Biện pháp phun hóa chất diệt muỗi là biện pháp rất hữu hiệu nhưng cần tiến hành đồng bộ cho tất cả các hộ gia đình trong thôn, tổ dân phố, không được bỏ sót bất kỳ một gia đình nào để không còn nơi trú ẩn của muỗi. Khi nằm nghỉ hay ngủ, cần nằm màn tránh muỗi (ngay cả ban ngày).
Tiêm chủng vắc-xin viêm não Nhật Bản là biện pháp tốt nhất để đề phòng mắc bệnh; Vì vậy, cần cho trẻ và người lớn chưa có miễn dịch với bệnh viêm não Nhật Bản đến Trung tâm Y tế để tiêm vắc-xin. Cụ thể, đối với trẻ dưới 05 tuổi: mũi một, tiêm lúc trẻ đủ 01 tuổi; mũi 02, sau mũi 01 từ 01 - 02 tuần; mũi 03, sau mũi 02 là 01 năm. Sau đó cứ 03 - 04 năm tiêm nhắc lại một lần cho đến khi trẻ qua 15 tuổi. Đối với trẻ trên 05 tuổi, nếu chưa từng được tiêm vắc-xin thì cũng tiêm với 03 liều cơ bản. Khoảng cách các mũi cũng tương tự như trên.
Khi thấy có dấu hiệu sốt cao cùng với các triệu chứng tổn thương hệ thần kinh trung ương cần phải đưa trẻ ngay đến cơ sở y tế để được chẩn đoán và điều trị kịp thời./.