Người mắc bệnh viêm não Nhật Bản có biểu hiện chính là sốt cao, kèm theo các triệu chứng liên quan đến tổn thương hệ thần kinh trung ương: Sốt cao từ 38-39 độ C, nhức đầu, buồn nôn và nôn. Trẻ có các dấu hiệu như mất ngủ quấy khóc, vật vã mê sảng hoặc ly bì, co giật, tăng trương lực cơ, rối loạn thần kinh thực vật (da lúc đỏ lúc xám, vã mồ hôi, mạch nhanh).
Để lại biến chứng nguy hiểm như:
Nếu không được chữa trị sớm, bệnh có thể có biến chứng rất nặng như viêm phổi, viêm phế quản hoặc viêm phế quản - phổi do bội nhiễm vi khuẩn. Ngoài ra có thể gặp một số có di chứng muộn sau một năm hoặc lâu hơn như động kinh, Parkinson. Bệnh viêm não Nhật Bản có tỷ lệ tử vong cao (khoảng từ 20-80%) thường gặp ở những bệnh nhân nặng như có co giật, hôn mê sâu, nằm lâu ngày, suy kiệt, viêm phổi nặng./.